学校教育为配合国家教育政策，科学列为重点学科之一，自不待言。本校除了传授科学理论外，更注重实际之实验。由于亲自试验之结果，易于帮助学生记忆从书本上所攫取的理论知识。现今科学课程，必须具备理论与实验之相互配合，不能只靠纸上谈兵。因此，本校科学馆决定逐年扩充科学设备及仪器，以让学生有更多的学习实验机会及培养研究科学的真正兴趣。
本校科学馆建于1957年，从一间普通教室改设为理化实验室，并采购科学仪器、药品及标本。1960年开始建筑独立式科学馆一座，内有物理、化学、生物三间实验室，一间天秤室，一间储藏室。1961年春季落成，于第二学期启用。为配合班级及学生人数的增加，馆内仪器、药品、标本等逐年充实，每年都有预算添置费。1963年第三学期，新校舍启用后，复将原有校长室及教员办公室改为初中示范实验室及标本陈列室，成为一座完整系统的科学馆。
原有科学馆为T字形，内分高中物理、高中化学、高中生物实验室各一间，另有教师准备室、药品贮藏室、天秤室各一间。而今又将教师准备室及一间贮藏室安置冷气设备，安放电子天秤及药品。
为了符合开办先修班的条件和水平，芙中在校长陈开泰的领导下完成了几项工作与改革。科学馆乃其中一项。1965年2月24日，自芙中申请开办大学先修班理科后，不同视察团体两年内来校视察六次，针对科学馆设备、科学用书、科学教员提出不同要求，并建议校方增建一座新科学馆為高初中所用，以便原有科学馆成为先修班专用科学馆。校方接纳视察团所提之条件，并根据教育部的指示，建立一座新科学馆。科学馆成立后，于1967第二学期启用。
该科学馆为两层建筑物，设有高中化学、初中一、初中二及初中三实验室各一间，各实验室均有准备室和贮藏室。高中化学和初中三实验室各增设毒气通风橱，化学实验室侧旁则设有一间天秤室。
每间实验室，长四十八尺，阔三十尺，内有教师示范桌一张，学生实验桌十二张，可供48人实验之用。并置有活动黑板、救火机及其他急救设备。
两层楼科学馆的实验桌均漆以耐酸碱及耐火之化学药品，各装水管、洗盆和药品架。并配置橱柜供各组收藏仪器，毒气通风橱另置一隅，以供制毒气之用。
物理实验室内，除设有十二张学生实验桌外，另有置放各组共同仪器之橱柜。
生物实验室内，同样有十二张学生实验桌，每张装有台灯。每室两侧安置解剖台，解剖器及生物仪器则置于贮藏室及每室之后面橱柜里。新科学馆旁辟有一间动物室，饲养鼠类、兔、松鼠、竺鼠类、猴类、果狸、龟类及鱼鸟类等，以便学生研究动物之习性或供作解剖实验之用。
本校采纳双轨制教学，科学教学除了必须符合政府考试外，也兼顾独中课程，因此，除了科学外，也同时教导独中生物、化学及物理课程。使学生能参加政考外，亦加强英文教学，提高理科水准，以便学生能够适应独中统一考试及马来西亚教育文凭考试，提供学生留学与就业的便利，为学生的出路作准备。
科学馆的管理及实验的准备工作由五名资深助理员协助，以减轻科学教师的课前准备。为了方便管理，高年级学生配有固定抽屉贮放玻璃器皿及简单用品，并由各组学生自行保管至学年结束。
拜当年申办大学先修班所赐，芙中科学馆今天方能有此规模与素质。本校现有七间实验室，拥有音响设备及单枪投影机，供多媒体教学之用，加上本校逐年扩充设备及仪器，使本校科学馆设备更臻完善，希望学生日后有更优越的表现。
科学馆主管
廖亚瑞撰写